Strukturę organizacyjną Nadleśnictwa Kobiór stanowią:
 
1. Biuro Nadleśnictwa składające się z:
a) działów:
 - Gospodarki leśnej - kierowanego przez Zastępcę Nadleśniczego
 - Finansowo-księgowego - kierowanego przez Głównego Księgowego
 - Administracyjno-gospodarczego - kierowanego przez Sekretarza
 - Posterunku Straży Leśnej - kierowanego przez Komendanta Posterunku Straży Leśnej
b)  samodzielnych stanowisk pracy:
 - ds. kontroli – Inżynierowie Nadzoru
 - ds. pracowniczych i socjalnych
 - administrator systemu informatycznego
2. Leśnictwa
3. Ośrodek Hodowli Zwierzyny(OHZ)
4. Ośrodek Hodowli Żubrów i Edukacji Leśnej (OHŻiEL)

Nadleśniczy jednoosobowo kieruje nadleśnictwem, ponosi za nie odpowiedzialność i reprezentuje go na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego odpowiada za całokształt sfery produkcyjnej w     nadleśnictwie,     kieruje Działem Gospodarki Leśnej i pracą leśniczych oraz nadzoruje działalność Ośrodka Hodowli Zwierzyny i Ośrodka Hodowli Żubrów i Edukacji Leśnej.

Dział Gospodarki Leśnej prowadzi całokształt spraw związanych z planowaniem,     organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie selekcji i nasiennictwa,     szkółkarstwa, hodowli lasu, ochrony lasu (w tym ochrony przeciwpożarowej), ochrony przyrody,     łowiectwa oraz innych działów z zagospodarowania lasu, użytkowania lasu oraz     sprzedaży drewna i użytków ubocznych. Dział ten prowadzi również sprawy związane ze stanem posiadania i  ewidencją gruntów.

Leśnictwo jest podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie,  kierowane jest przez     leśniczego, który odpowiedzialny jest za całokształt spraw związanych z prowadzeniem gospodarki leśnej w leśnictwie oraz ochronę przed szkodnictwem.
    
Ośrodek Hodowli Zwierzyny -  gospodarkę łowiecką na terenie OHZ prowadzi leśniczy d/s łowieckich. Ponosi odpowiedzialność za planowanie i realizację zadań gospodarczych w OHZ  oraz organizację ochrony łowisk przed kłusownictwem.

Główny Księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości,     finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, a także     organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną, dokumentów finansowo-księgowych. Główny księgowy kieruje działem finansowo-księgowym.

Stanowiska do spraw kontroli - zajmowane są w nadleśnictwie przez inżynierów    nadzoru, którzy kontrolują prawidłowość wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie oraz zadania wynikające z ochrony mienia. Prowadzą również sprawy związane z komunikacją społeczną, sprawy certyfikacji PEFC, FSC, zagadnienia dotyczące zagospodarowania turystycznego, utrzymania czystości w lasach oraz sprawy związane z przestrzeganiem zasad i przepisów bezpieczeństwa i higieny pracy, nadzorem nad realizacją stażu dla absolwentów średnich i wyższych szkół leśnych i udostępnianiem lasu i dróg leśnych.

Dział Administracyjno- gospodarczy zajmuje się całokształtem  spraw związanych z pełną obsługą administracyjną     nadleśnictwa, administrowaniem nieruchomościami, przygotowaniem i realizacją     inwestycji i zakupów środków trwałych oraz remontów w zakresie infrastruktury oraz koordynacją i realizację zamówień publicznych; kieruje działem administracyjno- gospodarczym.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie Nadleśnictwa. Posterunkiem kieruje Komendant Posterunku.

Stanowisko do spraw pracowniczych i socjalnych prowadzeni całokształt  spraw pracowniczych w rozumieniu Kodeksu pracy, PUZP dla pracowników PGL LP oraz innych obowiązujących unormowań prawnych.

Obsługa prawna w Nadleśnictwie  realizowana jest systemem zleconym w ramach „umowy obsługi prawnej" z Radcą Prawnym.

Administrator systemu informatycznego - prowadzi i nadzoruje całokształt zagadnień związanych z obsługą systemu informatycznego Nadleśnictwa oraz urządzeń peryferyjnych, obsługą internetowych portali, baz  urządzeniowych, leśnej mapy numerycznej, obsługą strony internetowej oraz współpracuje z pozostałymi pracownikami w sprawach dot. jej aktualizacji, prowadzi obsługę techniczną „stanowiska leśniczego".

Ośrodek Hodowli Żubrów i Edukacji Leśnej  ( OHŻiEL) – jest jednostką do zadań szczególnych; podlega bezpośrednio Zastępcy Nadleśniczego, kierowana jest przez osobę wyznaczona przez Nadleśniczego – Kierownik OHŻiEL. Do zadań Ośrodka należy m.in. merytoryczne prowadzenie hodowli żubrów i gospodarki rezerwatowej, identyfikacja żubrów, współpraca z KRŻ – Księgą Rodowodową Żubrów, EBCC – (European Bison Conservation Center), promocja Ośrodka Hodowli Żubrów i Edukacji Leśnej, prowadzenie edukacji leśnej w Nadleśnictwie.
Ośrodek  realizuje również zadania związane z prowadzeniem gospodarki leśnej w lasach niestanowiących własności Skarbu Państwa (w zakresie powierzonym przez kierownika urzędu administracji     publicznej).

Regulamin organizacyjny nadleśnictwa dostępny jest na stronie BIP